Часто при наблюдении чупакабры в той же местности замечают НЛО. Некоторые детали в свидетельствах очевидцев говорят об инопланетном происхождении существа: беспричинный страх, который чувствуют люди в местах появления чупакабры, странные запахи - все эти явления обычно сопровождают появление НЛО. И ещё одна важная деталь: чупакабры неожиданно появляются в какой-то местности, некоторое время свирепствуют там, а потом исчезают.

Многие жители Пуэрто-Рико связывают появления чупакабры с прилётами HЛО. В июне 1995 года в 11:30 вечера Энрика Гонзалес с шестилетней дочкой вышли на улицу прогуляться. Вдруг муж Энрики, остававшийся в доме, услышал истошные крики обеих. Выскочив, он увидел поднимающийся к небу светящийся шар. Из него по девочке, пытавшейся заслониться рукой, ударил луч красного света. После этого кожа на руке сильно покраснела и запузырилась. Фотограф газеты «Эль Вокеро» Эдди Конде приехал к Гонзалесам и заснял на руке девочки волдыри. Через некоторое время глава семейства увидел во дворе разломанную проволочную клетку, в которой содержались цыплята. Девять из них были уже мертвы и имели бескровные отверстия на шее или на туловище. «Это проделки чупакабры, - сказал Гонзалес. - Я думаю, она прибыла на том самом HЛО!»

Несколько похожих случаев произошли также в Мексике. Физик Марио Торрес Лухан, главный редактор журнала «Контакт НЛО» располагает сведениями о происшествиях, случившихся, по меньшей мере, в трёх мексиканских штатах. До сих пор не предана гласности информация о многочисленных встречах со странными существами красноватого цвета, размерами с обезьяну и с огромными глазами. Широко известен только один случай, произошедший в округе Абасоло штата Тамаулипас. По сообщению сельской полиции, в этом районе на трёх ранчо в сумме было найдено 20 мёртвых овец, с отверстиями на шее, животе и плечах, никаких следов убийцы найдено не было. 

Живущий в километре от Абасоло, в деревне Нуэво-Долорес, профессор Педро Серна не сомневается в том, что феномен чупакабры связан с появлениями НЛО. В последние годы он сам и его семья были свидетелями того, что профессор обозначил как «внеземные проявления», в виде огней на небе, посадок кораблей и встреч со странными существами, которых также видели многие жители деревни.

В конце апреля - начале мая 2000 года из окрестностей Сантьяго (столица Чили) стали поступать многочисленные сообщения о появлении чупакабры. 27-го апреля фермеры из области Хупил-Тукапел обнаружили мёртвыми 70 коров и быков. На шее у всех животных была найдена небольшая ранка. После обследования жертв стало ясно, что все животные полностью обескровлены.

4-го мая в одном из птичников было найдено 35 мёртвых птиц. На каждой тушке были обнаружены надрезы с идеально ровными краями. Всего с 20-го апреля по 12-е мая с ферм, расположенных в радиусе 300 километров от Сантьяго, поступило более 30 заявлений о загадочных убийствах животных.

29-го апреля примерно в 8 часов вечера 59-летний фермер Хосе Исмаэль Пино заметил над лесом светящийся шар. Когда шар снизился и исчез за деревьями, Хосе отправился посмотреть на него. Среди деревьев фермер увидел существо. «Оно было ростом полтора метра и напоминало большую обезьяну, - рассказывал Хосе. - Из его рта торчали два тонких клыка, а за спиной виднелась пара крыльев». Испуганный фермер бросился бежать. На следующее утро шесть его коров были найдены мёртвыми со следами укусов на шее.

3-го мая среди ночи профессора Ромеро из города Лагуна Редонда разбудил жалобный вой собак. Взяв ружьё, Ромеро вышел во двор. Прямо перед собой он увидел своих ротвейлеров, в страхе прижавшихся к забору. Перед ними стояло тёмное, плохо различимое в лунном свете существо, высотой около 1,7 метра. Не зная что ещё сделать, профессор выстрелил существу в спину. Оно вздрогнуло, расправило огромные крылья и быстро перелетело через забор. Больше во дворе дома профессора существо не появлялось.

«В июле 2000 года я посетил города Калама и Мари-Елена на севере Чили, именно оттуда сейчас поступает больше всего сообщений о чупакабрах», - рассказал доктор Вергилио Санчес-Осейо, руководитель Центра изучения аномальных явлений Майами (США). «Мари-Елена - небольшой городок, население всего 8 тысяч, и главное предприятие - шахта компании Soquimich. Буквально перед моим приездом паника, наведенная чупакабрами, достигла таких масштабов, что руководство шахты запретило своим сотрудникам даже упоминать об этом существе. Там же группа студентов показала мне слепок следа этого монстра - десять с небольшим сантиметров в длину, трёхпалый. Ребята указали мне место, где был сделан слепок. По соседству с отпечатками следов мы обнаружили большие круги, похожие на те, что остаются в местах посадки НЛО. Диаметр летательного аппарата был примерно 30 метров».

Шерстинки этих созданий, найденные студентами, не были похожи на шерсть ни одного известного науке животного. Директор одной частной школы в Калама, Хуан Вега сообщил Санчесу-Осейо, что недавно чупакабра пробралась в загон для скота, расположенный на их территории, и выпила кровь козы - это около 17 литров. Совершенно непонятно, как она умудрилась выбраться обратно через узкую щель в клетке. А через несколько дней, когда весть о происшествии разнеслась по всей стране, Вега увидел самолёт с символикой НАСА в местном аэропорту.

«От насовцев, насколько я слышал от весьма компетентных лиц из их местной лаборатории, сбежали как минимум три экспериментальных монстра, поймать которых так и не удалось», - утверждает известный чилийский архитектор Дагоберто Коранте.